Возникновение кафедры химической энзимологии на Химическом факультет МГУ в 1974 г. было обусловлено стремлением к пониманию фундаментальных основ биологического катализа и потребностями зарождающейся в то время биотехнологии. Кафедра химической энзимологии отделилась от кафедры химической кинетики, которую возглавлял Нобелевский лауреат, академик Н.Н. Семёнов, и Межфакультетской лаборатории биоорганической химии (ныне Институт физико-химической биологии им. А.Н. Белозерского).
Основателем кафедры был декан Химического факультета, член-корреспондент Илья Васильевич Березин (1923-1987), работы которого внесли фундаментальный вклад в понимание основ ферментативного катализа и инженерной энзимологии. Под его руководством была создана большая научная школа, ученики которой продолжают работать над развитием и совершенствованием его идей не только на кафедре, но и в других ВУЗах и институтах РАН, а также за рубежом, занимая лидирующее положение в научном сообществе.
Сейчас кафедра является ведущим научно-методическим центром подготовки высококвалифицированных научных кадров в области биокаталитических систем в нашей стране и за рубежом.